计算生物学（学术）

欧洲分子生物学开放软件包，一个开源的序列分析软件包

基于隐马尔可夫模型，用于生物序列分析工作的一个非常

用于研究生物分子体系的分子动力学程序包

通过搜索蛋白质或DNA数据库，或通过识别序列中的局

并行ClustalW

一种渐进的多序列比对方法，先将多个序列两两比对构建

一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较

通过蛋白质结构域和功能位点数据库预测蛋白质功能

一套与高通量测序数据交互的程序

一套广为应用的并行分子动力学模拟软件

一个快速比对两个基因组序列的软件

准确度和强大的功能，能够整合很多信息，如结构信息

超级快速的，较为节省内存的短序列拼接至模板基因组

一个短序列的从头拼接软件

分子动力学相关的一些计算和模拟工作

用于拼接短序列组装

一款利用最大似然法对DNA或蛋白质序列进行系统发育分析的软件包

中科院生物物理所生物信息实验室推出的可视化的微生物

一款很经典的构建进化树的软件

使用贝叶斯方法构建系统发育树